[dilara]

[size=medium] Proteomik ve biyoenformatik:

Bir hücre veya hücre tipinde bulunan proteinlerin tamamına onun proteomu ade verilir, bu tür büyük boyutlu veri kümelerinin araştırılması da proteomik sahasının konusudur (bu dalın ismi ilgili bir saha olan genomikten türetilmiştir). Proteomikte kullanılan anahtar teknikler arasında protein mikrodizilimleri (protein microarray) ve iki-hibrit taraması sayılabilir. Protein mikrodizilimleri hücredeki çok sayıda proteinin seviyelerinin belirlenmesini, iki-hibrit taraması ise protein-protein etkileşimlerinin sistematik olarak incelenmesini sağlar. Olası biyolojik etkileşimlerin tümüne interaktom (interactome) adı verilir. Mevcut olan her protein katlamasınına sahip olan proteinlerin yapılarının sistematik olarak çözme girişimine yapısal genomik adı verilmiştir.[/size]

[dilara]

[size=small]Çesitli organizmalara ait genomik ve proteomik veriler sayesinde araştırmacılar evimsel olarak birbirine uzak canlılarda bulunan homolog proteinleri dizi hizalaması (sequence alignment) ile verimli bir şekilde tanımlayabilmektedirler. Dizi profilleme programları ile nükleotit dizilerinde restriksiyon enzimi haritaları, açık okuma çerçevesi (open reading frame) analizleri, protein dizilerinden ikincil yapı tahminleri gibi analizler yapılabilir. Bu verilerden ilogenetik ağaçlar inşa edilebilir ve ClustalW gibi özel yazılımlar kullanarak modern canlılar ve genlerinin ataları hakkında evrimsel hipotezler geliştirilebilir. Biyoenformatik sahası genomik ve proteomik verileri birleştirerek, anlamlandırmak ve analiz eder. Bu yolla biyolojik problemlere gen bulma ve kladistik gibi bilişsel teknikler uygular.[/size]

[dilara]

[size=medium]Yapı tahmini ve simülasyon:

Yapısal genomik sahasını tamamlayıcı bir yaklaşım olarak protein yapı tahmini, yapısı çözülmemiş proteinler için makul modeller geliştirmeyi amaçlar. Yapı tahmininin en başarılı tipi olan homoloji modellemesi, modellenecek proteine dizin benzerliği olan “şablon” bir yapıya dayanır. Yapısal genomiğin amacı çözülmüş yapılar arasında yeterince çeşitlilik elde edip geri kalanları modellemektir. Mevcut şablon yapılar modelenecek proteine uzaktan ilişkili olduğu durumlarda güvenilir modeller üretmek zordur. Bu sorunun çüzümü dizin hızalamasının en doğru şekilde yapılmasından geçmesi gerektiği öne sürülmüştür.Yapı tahmin yöntemleri yeni bir saha olarak gelişmekte olan protein mühendisliğine yol göstermektedir, bu yolla yeni protein katlamaları tasarlanabilmiştir.Moleküler yanaşma (molecular docking) ve protein protein etkileşimleri gibi moleküller arası etkileşimlerin tahmini bu sahada çözülmeye çalışılan daha karmaşık bir problemlerdendir.

Protein katlanması ve bağlanma süreci moleküler dinamik teknikleri ile simüle edilebilir. Moleküler dinamik yöntemlerle kuantum mekanik hesaplamalarının birleştirilmesi yoluyla da proteinlerin elektronik yapıları incelenmektedir.[/size]

[Yazar]

Yazılar